在一片汪洋大海中，一群古老的大鱼与人类世界平行存在。椿，这位生家族的继承人，掌管着海棠花的生长。她违背族人的戒律，在海底世界秘密饲养了一个人类少年——小鱼。

当椿来到人类世界，她遇到了一个叫鲲的少年。他们之间产生了深厚的情感，但由于族人的禁忌，他们不能相守。在椿必须返回自己的世界之前，她被人类捕捉。鲲为了救她，不顾一切地加入战斗，最终成功将椿救出。

然而，为了救活鲲，椿不得不牺牲了一半的人生。这两个生物之间现在是命运相连，他们需要一起面对生活中的挑战。当生命即将结束时，只有通过“海天之门”，鲲才能回到人間。

随着时间的流逝，大鱼和人类开始融合，而四季也变得异常。这时候湫出现，他是一个曾经帮助过椿的人。但就在湫和鼠婆合作寻找鲲的时候，他不幸中了毒昏迷过去。

在最危急的情况下，爷爷支持椿做出了一个艰难决定。他决定用剩下的寿命去换取湫的一切，并且成为一棵保护家园的树木。最后，湫醒来并找到 椿与鮮，让他们安全地离开这个充满危险的地方。

这部电影讲述的是关于爱、牺牲和永恒友谊的小故事，它展示了两种不同文化之间不可思议的联系，以及无论身处何方，都能找到属于自己的归宿。在这个奇幻而又温馨的旅程中，每个角色都要面对选择，为自己所珍视的人或事物而奋斗到底。